De oprichtster van de stichting, Louise Schoute, werd in 1904 geboren in Wageningen. Nadat haar vader, de botanicus J. C. Schoute, was benoemd tot hoogleraar in Groningen, behaalde zij aldaar het einddiploma voor de HBS. In 1923 schreef zij zich in als student rechten in Groningen om na drie jaar over te stappen naar de Neerlandistiek. Ze had een brede, historische belangstelling. In 1930 behaalde ze haar doctoraalexamen, en trouwde kort hierop met Dr. W.J. Thijssen, leraar wiskunde. Het huwelijk zou kinderloos blijven. In de jaren hierna verdiepte Louise Thijssen-Schoute zich in het leven van de zeventiende-eeuwse Rabelais-vertaler Nicolaas Jarichides Wieringa, op wiens werk zij in 1939 zou promoveren. Het echtpaar woonde achtereenvolgens in Naarden en Enkhuizen, en vestigde zich uiteindelijk in 1952 in Utrecht.
Al tijdens de oorlog besloot Thijssen-Schoute, gegrepen door het historisch onderzoek, zich te gaan verdiepen in het werk van een andere zeventiende-eeuwse vertaler, J.H. Glazemaker, ‘verdietser’ van onder meer René Descartes en Benedictus Spinoza. Naar de receptie van deze twee belangrijke, beiden in de Republiek werkzame, filosofen was op dat moment maar weinig onderzoek gedaan. Op basis van zeer grondig bronnenonderzoek in heel Europa – waarbij tal van onbekende publicaties en manuscripten aan het licht kwamen – verzamelde Thijssen-Schoute een schat aan informatie over vooraanstaande, maar soms ook de meest obscure schrijvers en denkers binnen en buiten de Nederlanden.
Zelf niet verbonden aan enige academische instelling, ging Thijssen-Schoute hierbij zeer interdisciplinair te werk. Het resultaat van haar baanbrekende onderzoek verscheen in 1954 als Nederlands Cartesianisme, een lijvig boek, dat nog steeds geldt als onmisbaar voor iedere onderzoeker van de bloeiende Nederlandse intellectuele cultuur van de Gouden Eeuw. Ofschoon het werk eerder een rijke schatkamer is dan een uitgebalanceerde synthese, is het door thematiek – de opkomst van de Verlichting – en de aanpak – focus op de totstandkoming en verspreiding van kennis – nog steeds zeer actueel.
Erkenning voor Dr. Louise Thijssen-Schoute kwam mede van de universiteit van Utrecht, waar zij vanaf 1960 als onbezoldigd docent onderwijs gaf. Op dat moment was zij reeds ernstig ziek. Kort voor haar dood richtte ze de stichting op die haar naam draagt, met als doel: ‘het bevorderen van onderzoekingen op het gebied van de ideeëngeschiedenis, bij voorkeur van de zeventiende eeuw’.